2008年1月12日，北京城市生态研究站顺利通过CERN的相关领导及专家组成的十多人的评审团的验收，北京城市生态研究站正式成为中国生态研究网络中的一个以城市为观测和研究对象的台站。 

　　2008年6月，中美城市生态学研讨会在生态环境研究中心举行，这次会议由生态环境研究中心的欧阳志云研究员、王效科研究员等和美国Phoenix和Baltimore两个城市生态系统研究站的7名工作人员进行了为期十多天的研讨，取得阶段性成果。 

　　2009年6月10日北京城市生态系统研究站购置流动观测车，于2009年8月13日在蟒山十三陵水库蓄能电站正式开机运行，8月19日开始在北京市内移动监测空气质量。 

　　2009年10月19-20日，为交流目前城市生态系统长期最新研究成果，北京城市生态系统研究站站长王效科研究员、站长助理李锋副研究员以及张红星和王华锋四名工作人员参加了在南京地理与湖泊研究所举行的“生态系统定位观测技术与联网研究开放学术研讨会暨第十六次工作会议”，探讨了北京城市站的水、土、气、生等生态要素的监测现状和目前存在的困难，就北京城市站目前的建设、发展和存在的问题，与CERN的领导和各个台站的相关人员交换了意见。 

　　2010年4月，科技部组织的国家重点实验室评估专家组对城市站的各种工作设施、人员配备、近年来科研成果等进行了现场评估。 

　　2013年5月29日，中共中央总书记习近平在北京城市生态系统研究站教学植物园观测站，与少年儿童交流对环境保护的理解和认识。 

　　2015年5月，北京城市生态系统研究站被中国科协认定为2015-2019年度全国科普教育基地。 

　　2015年5月29日，中国科学院生态环境研究中心与北京宋庆龄故居合作建立了生态文明宣传站。

       2017年3月，北京城市生态系统研究站被中国科协评为“2016年度全国优秀科普教育基地”。

       2019年2月11日，经中国科学院生态环境研究中心主任办公会研究，决定由周伟奇研究员任北京城市生态系统研究站站长，任玉芬高级工程师、逯非副研究员任副站长。

       2019年5月27日，北京城市生态系统研究站召开第二届学术委员会会议。

       2019年5月28日，北京城市生态系统研究站与城市与区域生态国家重点实验室、中国生态学学会、SURE-China联合举办第八届城市生态论坛。

        2020年10月28日，北京城市生态系统研究站召开年度学术委员会会议，傅伯杰院士担任学术委员会主任。

        2020年12月10日，北京市园林绿化局副局长王小平率北京市林业勘察设计院、北京市林业碳汇工作办公室、中国林业科技信息研究所、北京林业大学、北京农学院等部门专家到生态环境研究中心北京城市生态站开展座谈交流。中心主任欧阳志云接待了来访，科技开发处处长严岩、城市与区域生态国家重点实验室和北京城市生态站相关人员参加了座谈。

        2020年12月28日，科技部办公厅发布了“关于组织填报《国家野外科学观测研究站建设运行实施方案》的通知【国科办函基〔2020〕470号】”，以北京城市生态系统研究站为基础的“京津冀区域生态环境变化与综合治理野外科学观测研究站”入选国家野外站择优建设的69个野外站名单。